应用场景
· 克隆全长cDNA
· 构建cDNA文库
· 克隆已知片段的旁侧内部序列
· 克隆同源基因的同源片段
· 获得抗体可变区序列
· miRNA靶基因序列验证
RACE技术分类
随着分子生物学技术的发展,科学家结合其它的分子生物学技术对最初的RACE技术进行了改进,从而丰富了RACR技术的类型。目前使用的RACE技术包括:经典RACE、Adapter-Ligated RACE、RLM-RACE、Cap-switching RACE和环形RACE等等。
Adapter-Ligated RACE
Adapter-Ligated RACE是Adapter-Ligated PCR技术与RACE技术的结合。利用T4连接酶将接头与cDNA两末端连接,在PCR循环的退火步骤中,由于短cDNA退火温度低,两端接头容易发生退火,形成锅柄状结构,两端接头结合阻止引物与模板结合,终止PCR反应。长cDNA的退火温度高,不易形成锅柄结构,因此引物可以与接头结合,实现延伸。Adapter-Ligated RACE可以让长片段cDNA的克隆在扩增反应中占主导,从而尽可能多地得到目的基因的序列信息。
RLM-RACE
利用断裂的mRNA5′端没有帽子结构的特点,事先加入牛小肠碱性磷酸酶(CAP)将断裂mRNA5′末端暴露的磷酸基团切除。再加入烟草酸焦磷酸酶(TAP),TAP具有切除mRNA帽子结构的催化活性,能够使mRNA5′端暴露一个磷酸基团,接着在T4连接酶的催化下将衔接头与经过活化的mRNA5′端链接。经过钝化的mRNA是不能与衔接头链接的。经过这样处理后,便可以扩增目的mRNA5′端片段。
Cap-switching RACE
第一步以poly(T)作为引物对mRNA3′端克隆。当新和成cDNA延伸到mRNA5′帽子结构时,加入莫洛尼鼠白血病病毒逆转录酶(MMLV)在cDNA3′端加入若干胞嘧啶poly(C)。MMLV所催化的加尾反应需要依赖模板和帽子结构的存在,因此只有完整的cDNA末端才会加上胞嘧啶残基,接着加入特异性引物,该引物在3′末端含有含有多聚鸟嘌呤核苷酸poly(G)可与cDNA末端新添加的多聚胞嘧啶核苷酸poly(C)退火,在DNA聚合酶的催化下以新添加的引物为模板实现接头转化,从而向cDNA3′端引入特异性序列,最后再进行PCR。
环形RACE
环形RAC利用poly(T)引物进行逆转录PCR反应扩增第一条cDNA。经RNaseH降解模板后加入T4链接酶,加入T4连接酶时会发生环化反应或串联反应。无论是环化反应或是串联反应的产物都可以根据已知序列设计新引物来补充第二条链。环状分子或串联分子产生第二条cDNA链后,在未知区域的两侧设计一对引物将未知区域置换到已知序列中间,进行普通PCR。
需要说明的是,RACE技术种类繁多,但目前没有任何一种RACE技术能完美地扩增多有类型的RNA,每一种RACE技术都有其适合扩增的RNA种类,比如经典RACE适合扩增有poly(A)尾结构的RNA,Cap-switching RACE技术适合于扩增具有5′端帽子结构的RNA。
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